全基因组测序技术在结核病流行病学调查中的应用

目的 评估全基因组测序技术在结核病分子流行病学调查中的应用。方法 对2008-2012年在上海市两家结核病定点医院发现9名耐多药患者中分离的结核分枝杆菌具有相同的可变数目串联重复序列,本研究对此进行流行学调查,并对9株结核分枝杆菌进行全基因组测序,分析其传播关系。结果 全基因组序列分析将9株结核分枝杆菌分为两个有传播关系的网络,一个为包括7株结核分枝杆菌（5例和2例患者分别来自不同的医院）的大簇,一个为只有2株结核分枝杆菌的小簇。两个簇之间相差15个单核苷酸多态性（SNP）位点,提示两个簇的遗传距离相对较远,基于菌株SNP差异构建的传播链显示了每个簇内菌株的传播方向和耐药突变积累的过程。结论 基于全基因组测序数据研究耐药结核病的传播网络,能准确判断传播路径和方向,识别传染源和传播缺失环节。